Pápež počas pôsobenia v Poľsku problémových kňazov údajne iba presunul do iných diecéz.
Zosnulý pápež Ján Pavol II. údajne vedel o sexuálnom zneužívaní detí v poľskej cirkvi ešte predtým, ako nastúpil do najvyššieho cirkevného úradu. Niektoré prípady vraj pomáhal aj zakryť, naznačuje reportáž Franciszkańska 3 z dokumentárnej série Bielmo, odvysielaná v poľskej televízii TVN24.
S informáciami o Jánovi Pavlovi II. prišiel vyšetrovateľ Marcin Gutowski, ktorý sa rozprával s bývalými zamestnancami cirkvi, ale aj obeťami sexuálneho zneužívania kňazov a ich rodinami. Dokumenty a výpovede, ktoré Gutowski získal, naznačujú, že Ján Pavol II. „chránil predovšetkým inštitúciu, nie obete“.
Jeden zo zdrojov vyšetrovateľa tvrdí, že mu Ján Pavol II. ešte v roku 1973 povedal o sexuálnom zneužívaní zo strany kňaza. Chcel vraj, aby prípad nikdy nikto nenahlásil, a údajne tvrdil, že sa „o to postará“. Duchovných vo viacerých prípadoch sexuálneho zneužívania, o ktorých údajne vedel, iba preložil do inej diecézy.